La misión del Grupo Pro África se configura bajo tres ejes:

• Aumentar el conocimiento sobre África, tanto en la sociedad como en las instituciones vascas y navarras.
• Incidir a nivel institucional sobre la importancia de la cooperación con África Subsahariana y las dificultadas y características específicas de trabajar en este territorio, con el fin de mejorar el servicio y promover una mayor coherencia de políticas con África de acuerdo a su situación concreta.
• Fomentar el papel de las personas y asociaciones africanas dentro de nuestras sociedades, así como la escucha de las personas expertas nativas que nos visitan.